上海海事大学集装箱供应链技术教育部工程研究中心（以 下简称“工程中心”）于2007年10月获教育部批准立项， 2011年8月通过教育部专家验收，2012年1月11日教育部批准工程中心挂牌，进入正式运行阶段。工程中心现有员工12人，其中教授5人，副教授1 人，具有博士学位6人。设信息处理实验室、传感测控实验室、人机环境实验室和综合办公室等机构。在读博士后1人，博士生4人，硕士生18人。现为工业工程 博士点与硕士点、物流工程与管理上海市教委重点学科依托单位，管理科学与工程（物流工程与管理）上海市一流学科（B类）重点建设单位。已建成约1800平 方米的研发基地和10000平方米的集装箱码头综合中试基地。工程中心已经形成了集装箱供应链的决策与服务、集装箱供应链监测与控制、集装箱供应链人机与 环境三大研发与工程化方向，旨在推动国内外该领域的技术研究与工程拓展，提升上海海事大学物流工程与管理的学科水平及国内外的科技影响力。
工程中心已完成国家863重点项目、国家自然基金项目、交通运输部科研项目、上海市科委重点项目、上海市教委重点项目、浦 江计划项目、曙光计划项目等15项，承担振华重工、天津港、上海港等企业委托项目30余项，科研总经费2000余万元。发表SCI国际期刊论文13 篇，EI论文40余篇，申请发明专利15项（已授权3项），实用新型专利1项（已授权1项）、软件着作权11项（已授权9项），并在多家企业取得了成功的 应用示范。获国家科技进步二等奖1项。已主编SCI/EI国际期刊International Journal of Computer Applications in Technology专刊Computer Applications in Logistics Engineering and Management，在编国际期刊Advanced Engineering Informatics专刊Engineering Informatics in Port Operations and Logistics，在国内外港航与物流领域具有较高知名度与科技水平。
工程中心的建设目标是以该领域国际最新科技为参照，以国家和企业重大需求为导向，到2015年末，形成较为完善的组织结构与运行机制，具有稳定可持续发展的学科与研发方向，拥有较高水平和凝聚力的科研队伍，成为国内外具有一定知名度的技术开发、工程化和行业咨询平台。