学校与海外约70所大学建立了校际交流与合作关系，开展教师交流、学生交换、合作办学、合作科研等。主要友好院校一览表：
　　亚洲：日本神户大学、日本东京海洋大学、日本近畿大学、日本长崎外国语大学、韩国仁荷大学、韩国东明大学、韩国海洋大学、韩国木浦海洋大学、韩国釜山大学、新加坡南洋理工大学、越南海事大学、缅甸海事大学、马来西亚海运学院、印度尼西亚玛朗理工学院、土耳其伊斯坦布尔技术大学、土耳其皮里雷斯海事大学、香港理工大学、台湾海洋大学、台湾高雄海洋科技大学、台湾开南大学、台湾高雄第一科技大学......

　　上海海事大学与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科项目获教育部批准，并开始在非洲招生。该项目学生在加纳学习3年，在我校学习1年，主干课程的教学主要由我校教师承担。作为我校第一个、也是上海市地方高校第一个海外办学项目，该项目为学校走出国门、扩大学校在海外的影响迈出了重要一步。该项目首届招生42人，并于2011年3月在加纳举行了首批学生的开班典礼。2014年6月，首届学生毕业典礼在加纳阿克拉举行，时任加纳外交部长、塞拉利昂交通部长、加纳交通部长、喀麦隆交通部长、冈比亚交通与建设部部长、利比亚海事局局长等嘉宾出席了此次毕业典礼......

　　上海海事大学与境外着名企业与航运机构建立了紧密的合作关系。主要包括波罗的海国际航运公会（BIMCO）、国际干散货船东协会（INTER-CARGO）、国际航运公会（ICS）、国际独立油轮船东协会（INTER-TANKO）、马士基航运集团（MAERSK）、丹麦诺登航运集团（NORDEN）、希腊高士曼航运公司（COSTAMARE）、挪威船级社（DNV）、意大利船级社（RINA）、日本邮船株式会社(NYK)、英国皇家特许船舶经纪人协会（ICS）、美国福茂公司（FOREMOST）、美国通用电气（GE）、瑞典宜家（IKEA）、香港金信物流等......