根据《上海海事大学深化教育综合改革2018年实施方案及推进计划》（沪海大委〔2018〕26号），学校发布了《2018年上海海事大学深化教育综合改革完成情况表》，要求各个牵头部门对2018年度的改革任务逐一对应检查，全面梳理完成情况。对于尚未完成的综改任务，进行情况分析、原因说明，在2019年继续逐项安排落实。对于已经全部完成的试点改革任务，根据工作变化和学校的发展需求，完善改革任务,以期为后续的深化改革提供借鉴。同时，根据2018年度综改任务的开展情况，总结了在推进教育综合改革过程中亮点突出、成效显着的“探索航海类应用型人才培养模式改革”“聚焦科技内涵式发展，推进高水平大学建设”“创建依法治校示范校，为推动综合改革提供坚实的法治保障”“构建助力教学科研的智慧云计算中心及教学云桌面”“推进网上行政办事中心建设，提升协同服务能力”等5个典型案例。

2018年9月，市教育综合改革领导小组第52次专题会议研究决定，将上海海事大学的管理科学与工程、交通运输工程两大学科纳入高水平地方高校（学科）试点建设。学校扎根中国大地，全面贯彻落实党的教育方针，以中国特色世界一流为核心，以高等教育内涵式发展为主线，以落实立德树人为根本任务，依照聚焦特色、突出优势、对接需求、形成影响的发展思路，形成了《上海海事大学深化改革建设高水平地方高校（学科）建设方案（2019-2023年）》（以下简称《建设方案》）。《建设方案》先后通过市教委内部评审、市教委组织专家论证评审、市政府专题会议审议、市教育综合改革领导小组第55次专题会议审议，要求学校依据建设目标，加快推进高水平地方高校（学科）建设。学校以综合改革为契机，以创新彰显特色增添动力，通过推进深化综合改革，为高水平大学的建设注入了活力。