为深入推进综合改革的落实进展，学校成立了上海海事大学深化综合改革领导小组（以下简称综合改革领导小组）。在综合改革领导小组下设立了治理结构、人事制度、教育教学、学科建设和科研管理机制、对外交流与合作、资源配置机制等6个专项改革工作小组，协调推动有关专项改革政策措施的制度和实施。每个专项改革工作小组由2-3名校领导牵头负责，选择1-2项工作，作为2015年试点任务，为之后综合改革的全面推进积累经验、探索路径，起到了较好的示范作用。

学校定期召开综合改革领导小组会议，专项工作小组定期汇报工作进展，通过相互交流、相互促进，加快改革任务的落实。

2015年，学校完成了《上海海事大学深化综合改革方案（2015-2020年）》的编制与核准，制定了《上海海事大学深化教育综合改革2016年工作要点》。学校确定了2016年度的38项细化改革任务，制定了分季度实施计划及任务分解表，明确了工作小组及牵头校领导、牵头部门和配合部门。

学校利用教代会、专题研讨、校园网络等各种方式，在广大师生员工中凝聚起学校深化改革的共识。在深入调研和广泛讨论的基础上，在创新人才培养、教师综合评价、科技成果转化、干部队伍建设等机制体制上寻求率先突破，取得了预期的成效。通过征集相关部门的试点经验，学校向市教育综改领导小组上报了“改革大学生科技创新及学科竞赛机制”、“改革本科教师教学综合评价体系”、“创新科研成果转化机制”、“完善干部选拔任用机制”等4个典型案例，其中“改革大学生科技创新及学科竞赛机制” 入选上海市教育综合改革2015年典型案例。