按照市教委的部署，学校开展了深化综合改革方案的编制。自2015年3月起，经5个多月的工作，学校深化综合改革方案工作从启动、编制、讨论、修改、汇报、反馈到完善，于7月底完向市教育综合改革领导小组办公室报备，8月底通过咨询委员会专家组审核。同时，学校完成市教委要求的校内力量整合清单、校外政策支持清单等2个清单。

学校成立上海海事大学综合改革领导小组，书记、校长任双组长，校领导任副组长，主要部处负责人任组员，下设校综合改革办公室。校领导分别负责治理结构、人事制度、教育教学、学科建设和科研管理机制、对外交流与合作、资源配置机制等6个专项改革工作小组。学校党委行政开展多次研讨，对方案进行了9轮的修改完善，通过党政协同、部门配合，23个部门参与方案编制。

经研讨发现，学校存在15项影响学校发展的瓶颈问题，涉及治理体系、人事制度、人才培养、科研机制、国际化办学、资源配置、信息化支撑等7个方面。学校提出一一对应的6个专题56项重点任务，归集成25项改革任务，并明确了相关落实部门、实施路径和完成时间节点。

学校将完善和发展现代大学制度作为深化综合改革的总体目标，建立学校治理、资源配置等核心体系，构建国际化、信息化办学的支撑体系，探索人才培养、师资引育、科研组织等关键模式的创新。到2016年底，以问题为导向，突破瓶颈，创新制度，试点任务取得阶段性成果。到2020年，以目标为导向，基本完成本方案提出的改革任务，学校现代大学制度建设取得重大进展。

通过发展模式、评价体系和管理机制的转变，学校将探索“国内引领、国际典范”海事大学的特色发展之路，在航运、物流、海洋等教育、培训、科研与咨询领域居于国内前列、国际前沿。到2020年，基本建成具有全球影响力的高水平海事大学。为此，学校以探索“清单制”建设为抓手，包括负面清单、责任清单、任务清单等3张清单，重点建立基于4项原则的组织、协同、资源、实施等4项保障机制。