学校设有3个博士后科研流动站（交通运输工程、电气工程、管理科学与工程），4个一级学科博士点（交通运输工程、管理科学工程、船舶与海洋工程、电气工程），17个二级学科博士点，16个一级学科硕士学位授权点，56个二级学科硕士学位授权点，12个专业学位授权类别，48个本科专业。拥有12个省部级重点研究基地。现有1个国家重点（培育）学科，1个上海市高峰学科，2个上海市高原学科，9个部市级重点学科，工程学科进入ESI全球前1%。5个国家级特色专业，1个国家级综合改革试点专业，6个教育部卓越工程师教育培养计划专业，17个上海市本科教育高地。现有2个国家级实验教学示范中心，2个国家级虚拟仿真实验教学示范中心，5个国家级实践教学示范中心，1个全国示范性工程专业学位研究生联合培养基地。设有水上训练中心，拥有万吨级集装箱教学实习船“育锋”轮，4.8万吨散货教学实习船“育明”轮。

在2004年教育部本科教学工作水平评估和2006年教育部英语专业教学评估中获得优秀。2018年，年度科技总经费达到3.7亿元，获一批国家级科研项目及部市级以上科技进步奖。

实行校院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院（设亚洲邮轮学院）、物流工程学院（设中荷机电工程学院）、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋科学与工程学院、文理学院（设马克思主义学院）、徐悲鸿艺术学院、物流科学与工程研究院、上海高级国际航运学院等二级办学部门。

现有25,000余名在校生，其中全日制本科生近16,300人，各类研究生近6,000人，留学生近700人。现有专任教师1250余人（含思政教师），其中教授160余名，具有博士学位教师占比63%。

（统计数据截至2019年10月）