物流科学与工程研究院大力推进产学研合作，与中国远洋海运集团有限公司、上海国际港务（集团）股份有限公司、宝供物流企业集团有限公司、嘉里物流等航运物流龙头企业，中国物流与采购联合会、中国航海学会等行业协会，以及上海出入境检验检疫局等政府监管部门建立了长期、稳定的合作关系。
- 交通运输部
- 浙江省海事局
- 中国石油化工集团公司
- 上海浦东现代物流行业协会
- 宁波港股份有限公司
- 中国远洋海运物流有限公司
- 上海航运运价交易有限公司
- IKEA
- ILOG
- 上海振华重工（集团）股份有限公司
- 远成集团有限公司
- 上海博科资讯股份有限公司
- 上港集团尚东分公司（洋山港四期）
- SAP（北京）软件系统有限公司
- 上海郑明现代物流有限公司
- 新海丰物流有限公司
- 上海锦江国际低温物流发展有限公司
- 航慧（上海）网络科技有限公司
- 上海惠尔物流有限公司
- 宝供物流企业集团有限公司
- 工业互联网创新中心（上海）有限公司
- 银联商务有限公司
- 中国物流与采购联合会
- 青岛港国际股份有限公司
- 中远集装箱运输有限公司
- 厦门港务控股集团有限公司
- 上海外高桥造船有限公司
- 上海电子口岸网
- 上海科学技术开发交流中心
- ESRI
- LANNER
- 上海综合保税区
- 南光（集团）有限公司
- 上港集团物流有限公司
- 上港集团振东分公司
- 百联集团
- 上海港务集团海勃物流软件有限公司
- 中交第三航务工程勘察设计院有限公司
- 上海美华系统有限公司
- 上药控股有限公司
- 上海安吉通汇汽车物流有限公司
- 江苏苏钢集团有限公司
- 宁波大榭招商国际码头有限公司
- 嘉里物流（中国）投资有限公司
- 广西北部湾港股份有限公司