物流科学与工程研究院（原科学研究院）成立于2006年9月，于2016年9月正式更名。研究院建设立足港航、物流行业，面向社会，以科学研究为核心，以高等研究院为发展和定位目标，致力于高质量的科学研究及研究生培养，探索、认识和预测现代物流演化与发展趋势，发展物流自动化、信息化、智能化技术，服务于 “一带一路”“长江经济带”“上海国际航运中心”等国家战略中的物流科学与工程需求。
研究院下辖四个科研部门：物流研究中心、航运技术与控制工程交通行业重点实验室、智能港口物流协同创新中心、电气自动化研究所，拥有三个省部级重点研究基地：智能港口物流交通运输行业协同创新平台、航运技术与控制工程交通行业重点实验室、上海航运物流信息工程技术研究中心。
“物流工程与管理”学科带头人黄有方校长是海内外着名的物流专家，担任了教育部高等学校物流类专业教学指导委员会主任委员、中国航海学会理事长、上海国际航运中心专家委员会副主任、东北亚物流学会学术委员会主席、（UNCTAD/WTO）国际贸易中心（ITC）特别国际顾问等重要职务。物流科学与工程研究院现有教职工65人，其中教授11人，副教授18人，博士38人。
研究院现设有“物流工程与管理”博士后流动站，拥有“物流科学与管理”“物流工程与技术”2个二级学科博士点，“管理科学与工程”“控制科学与工程”2个全日制学术型的一级学科硕士点，以及“物流工程”领域工程硕士授予权。研究院现有包括留学生在内在校博士和硕士研究生400余名，现有专业学位硕士生实践基地19个，其中市级示范基地1个、市级基地2个、校院级基地16个。
近年来，研究院完成各类科研项目200余项，项目经费近亿元，特别是完成了一批包括科技部863计划重点项目“集装箱自动化码头装备及示范项目”，国家发改委项目“物联网应用示范工程”等，取得了显着的成效。获得国家级、省部级奖项近20项，2016年顾伟教授的“电力推进船舶动力控制、电站控制与航向控制技术及应用”成果获得上海市科技进步一等奖，2017年黄有方教授的“自动化集装箱码头装卸系统关键技术及应用”成果获上海市科技进步一等奖（第二单位）。据Elsevier Scopus数据统计，由研究院牵头建设的“物流工程与管理”上海高校高峰学科港航物流学科方向，连续10年保持全球第1。
研究院积极与海内外的相关学术机构开展学术交流合作，邀请海内外杰出科学家访问、讲学，并努力创造条件，鼓励和资助研究院的研究人员出国访问和参加国际学术会议。
研究院将肩负“港航科技创新、物流战略转型、促进服务业升级”的使命，引领物流新技术、新方法、新模式的前沿与实践，逐步发展成为具有国际水平的、在国内外有重要影响物流研究院。
（注：更新于2019年10月）
