按照市教委的部署，学校开展了深化综合改革方案的编制。自2015年3月起，经5个多月的工 作，学校深化综合改革方案工作从启动、编制、讨论、修改、汇报、反馈到完善，于7月底完向市教育综合改革领导小组办公室报备，8月底通过咨询委员会专家组 审核。同时，学校完成市教委要求的校内力量整合清单、校外政策支持清单等2个清单。

学校成立上海海事大学综合改革领导小组，书记、校长任双组长，校领导任副组长，主要部处负责人 任组员，下设校综合改革办公室。校领导分别负责治理结构、人事制度、教育教学、学科建设和科研管理机制、对外交流与合作、资源配置机制等6个专项改革工作 小组。学校党委行政开展多次研讨，对方案进行了9轮的修改完善，通过党政协同、部门配合，23个部门参与方案编制。

经研讨发现，学校存在15项影响学校发展的瓶颈问题，涉及治理体系、人事制度、人才培养、科研机制、国际化办学、资源配置、信息化支撑等7个方面。学校提出一一对应的6个专题56项重点任务，归集成25项改革任务，并明确了相关落实部门、实施路径和完成时间节点。