学校积极落实国家和上海中长期教育改革和发展规划纲要，主动对接《上海市教育综合改革方案（2014-2020年）》，以深化学校综合改革为主线，聚焦内涵与特色，针对学校未来五年的发展目标和建设任务，通过学校多次“自上而下、自下而上”的广泛征求各方意见和建议，最后形成了《上海海事大学教育事业发展“十三五”规划》。

规划牢固树立“创新、协调、绿色、开放、共享”的发展理念，以现代大学制度建设为指导，以学校深化综合改革为抓手，以“聚焦内涵、强化特色、人才强校、创新引领”为主线，把握国家和上海的发展机遇，围绕发展目标和战略重点，加快具有全球影响力的高水平海事大学的建设步伐。

规划指出：“十三五”期间，学校将围绕高水平特色学科、师资、教学、科研、声誉的建设，依托办学结构、发展规划、学科发展、师资引育、人才培养、社会服务、国际化教育、办学支撑、资源配置、大学文化、党的建设等11个体系建设，形成独特的核心竞争力。在今后的发展中更加关注海事特色和一流水平，落实到本科教育与专业建设、研究生教育与学位点建设、学科建设与科研发展、人事制度与师资队伍建设、国际化建设、信息化建设、实验室建设、基础建设、文化建设、党的建设等8个方面42项任务举措，使学校的整体办学水平和国际办学地位达到新高度。