中国航海学会水运管理专业委员会成立于1984年，是中国航海学会的直属分会。上海海事大学一直作为水运管理专业委员会的主任单位，其下属的交通运输学院负责委员会的日常事务及各项活动。
目前水运管理专业委员会的主任委员为上海海事大学於世成书记，常务副主任委员兼秘书长为施欣教授。委员会共有78名委员，分别来自200多所全国港航企业、科研院校及其他相关单位。这些委员都是具有高级职称的教师或是企业中层以上负责人。
委员会自成立以来，依靠自身学科和人才优势，在追踪世界航运发展趋势、结合中国实际提高港航管理水平的基础上，多次组织全国性的水运管理范围内的信息交流、学术研究和科研咨询等活动。成立至今，委员会先后开展了学术交流活动12次，交流学术论文近240篇，为中国航海学会推荐优秀论文80余篇，有效地促进了全国性水运管理的产、学、研的合作与发展。委员会的《水运管理》杂志于2008年获教育部科技司颁布的“中国高校特色科技期刊”奖，2011年获上海市期刊编校质量检查优秀奖。