交通运输学院2001年12月正式成立，主要面向港航企业、政府部门的高层次人才培养和交通运输领域的科学研究，秉承勤勉、笃实的办学风格。1959年上海海运学院成立后，分别组建水运管理系、远洋运输业务系，为今天的交通运输学院奠定了坚实的基础。（2001年12月学校将管理学院一分为二，分别成立了交通运输学院和经济管理学院。）
交通运输学院作为全国最早创立交通运输工程专业及第一批硕士点院校之一，积累了半个多世纪人才培养与学科研究的丰厚经验，逐步发展成为我国从事交通运输、国际航运、物流管理、交通工程专业教学与研究的主要基地。
学院学科体系完整，人才培养层次齐全，现拥有交通运输规划与管理博士学位授予权，交通运输工程、交通运输规划与管理2个硕士点，交通运输、交通管理（航运管理）、物流管理、交通工程4个本科专业，与中西非海运学院合作的物流管理中外合作全日制本科生培养项目。其中，交通运输规划与管理学科于2007年和2008年先后被国家教育部和上海市批准为国家重点（培育）学科和上海市重点学科，物流管理、航运管理专业为国家级特色专业，交通运输、航运管理、物流管理被列为上海市本科教育高地，交通运输、交通工程专业通过了全国工程教育专业认证。目前，在校全日制硕博研究生300余人，本科生2400多人。
学院拥有一支结构合理、实力雄厚的师资队伍，共有专任教师85名，教授15人（含博导10人），副教授32人。教师中已具有博士学位和正在攻读博士学位的人数占学院教师总数的92.9%。
学院大力开展科学研究，重视校企合作，目前建有虚拟现实实验室、水运系统决策技术与评价重点实验室、现代港口综合实验室、数字物流实验中心实验室、码头自动化控制实验室、交通工程实验室、FFA实验室等科研平台，科研成果丰硕。
学院注重国际交流，早在1962年就开始招收越南留学生，1983年与亚太经社会合作培养航运研究生班，近年又与世界海事大学、西澳大利亚大学合作培养研究生，与中西非地区海事大学合作开办物流管理本科专业，与香港理工大学、美国麻省海运学院、韩国仁荷大学等大学建立互换学者及学生的交流机制。
学院发展主要历程
1909年
上海晚清邮船部高等实业学堂（南洋公学）船政科，培养专门航海人才。标志着中国航海高等教育诞生。
1950年-1958年
1950年东北航海专科学校成立航务管理科、1951年东北航海学院航运管理系、1952年中南交通学院的航运系，1953年大连海事大学海运管理系，1957年武汉水运工程学院水运管理系，1958年在武汉水运工程学院举办远洋运输业务专业两个班，上述院系是交通运输学院管理系、国航系的起源。
1959年
上海海运学院成立。
1962年-1965年
1962年上海海运学院设海运管理系，后更名为水运管理系。
1962年和1963年，交通部专业调整，大连、武汉两院的水运管理相关专业调入上海，组建成上海海运学院水运管理系。1962 年上海海运学院在航海系筹建远洋运输业务专业并招生，1965 年设立远洋运输业务系（此为国际航运系前身）。
1966年-1977年 1972-1976年远洋运输业务招收大学普通班学员（工农兵大学生）。
1978年 1978年春远洋运输业务77级新生入学，1979年交通运输管理工程专业开始招生。
1991年
成立管理学院，下设水运管理系、国际航运系、水运经济系。
2001年12月
交通运输学院成立，下设管理系、国航系、法律系。
2008年
法律系整体调整组建法学院，增设交通工程系，港口航道与海岸工程专业调整到海洋环境与工程学院。