信息工程学院的创建始于1978年，在交通部的支持下, 上海海运学院成立电子计算机计算技术专业筹建小组，于1979年正式成立电子计算机计算技术专业并招收第一届本科学生；1985年成立计算机科学系，并招收第一届计算机应用硕士研究生；1990年计算机及应用专业获得计算机应用工学硕士学位授予权，成为当时交通部部属高校中唯一的计算机专业硕士点，也是上海地区较早拥有计算机应用硕士点的高校之一；1997年学校将计算机科学系、电子工程系、电气工程系和机械工程系合并成立工学院；2003年，电子系和计算机系从工学院中分出，成立信息工程学院。

现有计算机科学与技术、信息管理与信息系统、网络工程、电子信息工程、通信工程5个本科专业；信息管理与信息系统二级学科博士点；计算机科学与技术、软件工程、信息与通信工程3个一级学科硕士点；计算机应用技术、计算机软件与理论、计算机系统结构、信号与信息处理、通信与信息系统5个二级学术型硕士点；计算机技术、电子与通信工程、软件工程3个专业型硕士点以及卓越工程师授予点。

学院主要科研方向：信息工程基本理论与方法, 高性能和智能海洋与航运信息技术，海洋通信与网络技术，海洋探测信息技术，生物信息技术及其在航运和海洋学科方面的应用和水下机器人技术及应用等。先后承担国家863计划项目、国家自然科学基金项目、国防预研、交通部和上海市自然科学基金等重大课题以及企业委托的科研课题，获得可喜的研究成果。

学院现有教职员工136名，其中专任教师105名，含博士学位获得者81名、教授16名、副教授38名、高工1名。现有本科生1780人，研究生314人。