1959年交通部在上海组建上海海运学院，航海系、轮机系孕育而生。1995年4月，因学校进行教学资源优化与改革，将原航海系、轮机系合并成立了商船学院。学院经过二十多年的发展，现设有院办公室、航海技术系、轮机工程系、学生工作部、资料室等教学运行机构。同时还设有国家级实验教学示范中心、国家级虚拟仿真实验教学中心、航运仿真技术教育部工程研究中心、上海海事司法鉴定中心、航海科学研究所、中法联合伽利略系统与海上安全智能交通研究所、上海海事大学国际海事研究中心、上海海事大学-挪威船级社国际合作中心、上海海事大学海洋环境风险研究与评估中心、船舶控制工程研究所、中华人民共和国海事调查实验室等教学协作与科研学术机构。
目前，学院有载运工具运用工程、交通信息工程及控制、轮机工程3个博士点；船舶与海洋工程、动力工程及热物理2个一级学科硕士点，载运工具运用工程、轮机工程、交通信息工程及控制、制冷与低温工程等7个二级学科硕士点，船舶与海洋工程、交通运输工程2个工程硕士点；航海技术、轮机工程、船舶电子电气工程、能源与动力工程4个本科专业。其中，航海技术和轮机工程为国家级特色专业建设点和上海市本科教育高地。同时，载运工具运用工程为上海市重点学科，轮机工程为上海市教委重点学科。
航海类特色专业招收与培养保持长期稳定。学院每年招收航海技术专业本科生10个班（每班约35人，以下同）、轮机工程专业本科生8个班、船舶电子电气工程专业2个班，能源与动力工程专业3个班。
2016年底学院有教职工232人，其中专职教师161人、实验员39人、思政教师13人、行政人员9人、专职科研和研究中心等机构人员10人。在专职教师中教授28人、副教授54人，高级工程师或高级实验师5人；具有博士学位72人，具有硕士学位及在读博士生140余人；持有海船船长证书25人，大副证书8人，轮机长证书12人，大管轮证书4人。
商船学院国际交流与合作项目日益扩大和深入，极大促进了学院的国际化办学水平。近年来，有来自IMO（国际海事组织）、美国麻省海事学院、美国圣地亚哥海事学院等不同国家的外籍专家、教师来院进行短期讲学；目前，学院与美国麻省海事学院、丹麦哥本哈根轮机工程学院、日本东京海洋大学、台湾海洋大学、韩国木浦海洋大学等知名院校建立了良好的定期互派各类专业的国际交流留学生互访、学习的稳定合作关系。
学院网址：http://mmc.shmtu.edu.cn/front
航海技术(交通运输类 理工 四年)
本专业培养具备现代海船驾驶和管理所必需的基础理论与专业知识，基础扎实、知识面宽、实践能力强、综合素质高、符合国际和国家海船船员适任要求的、从事现代化船舶驾驶与管理的高级航海技术人才。学生在校期间实行准军事化管理。
主要专业课程：航海学、航海气象与海洋学、船舶结构与设备、船舶操纵、船舶值班与避碰、船舶货运、航海仪器、远洋运输业务与海商法、船舶安全与管理、全球海上遇险与安全系统（GMDSS）设备及其通信业务等。
就业方向：学生毕业后，主要从事海洋船舶驾驶工作，也可从事航运管理、海事监督、船舶保险、船舶检验，或在研究机构或航海院校从事教学、管理、科研等工作。
轮机工程(交通运输类 理工 四年)
本专业培养具备现代海洋船舶机电管理所必需的基础理论与专业知识，符合我国和国际海事组织(IMO)制定的国际海员教育和培训标准，能熟练应用英语和计算机的高级工程技术人才。学生在校期间实行准军事化管理。
主要课程：工程力学、流体力学、工程热力学与传热学、机械设计基础、电路与电子技术、轮机英语阅读与写作、轮机工程材料、船舶柴油机、船舶辅机、船舶电气及控制系统、轮机自动控制系统、轮机维护与修理、微机在轮机中的应用、海洋船舶防污染技术、船舶动力装置技术管理和船舶管理等。
就业方向：毕业后的学生主要从事世界各地航运公司的船舶轮机管理工作；也可以在航运公司船舶机务部门从事管理工作，在船厂从事生产管理工作，以及在船舶机电设备生产和服务公司从事技术工作,在知名船用设备厂商从事设备销售及售后技术服务工作；还可在中华人民共和国海事局部门从事海事管理、船舶安全检查和船员管理等工作，在船级社从事船舶检验工作，在保险公司从事船舶保险和船舶公估工作，在航海院校从事教学、管理和科研工作，在石油钻井平台从事机电设备管理工作。
船舶电子电气工程 (交通运输类 理工 四年)
本专业的培养符合国际海事组织(IMO)制定的教育及培训标准，符合我国海船电子电气员的适任标准；目标是培养运输船舶与海洋工程相关的电气工程与通讯导航复合型电子电气工程技术人才，掌握单片机编程、PLC设计与编程、电气制图等基本技能。学生在校期间实行准军事化管理。
主要课程：电路与电子技术基础、微机原理及接口技术、电力电子技术与变频控制、电力拖动及其控制系统、船舶电站、PLC及其工业控制网络、船舶机舱自动控制系统、船舶计算机网络、航海雷达、电航仪器、GMDSS系统与设备等。
就业方向：主要从事船舶电力、电子、电气设备的管理与设计；从事海洋工程的电力、电子、电气设备运行管理和维护；可在船厂从事船舶控制系统的生产与调试，以及在船舶机电设备生产和服务公司从事技术工作；也可在交通运输系统内从事船舶设备管理、系统设计、海事监督、船舶检验、科研和教学等工作。
能源与动力工程 (能源动力类 理工 四年)
本专业培养具有良好科学素质及外语和计算机应用能力，掌握能源与动力工程基础理论和基本技能，能从事能源与动力工程领域的设计制造、科研开发、应用研究、运行管理和教学等方面的高级工程技术人才。
本专业分为二个专业方向：制冷与空调工程、能源工程及自动化。学生在完成综合基础素质教育、掌握宽厚的理论基础后，根据社会需求和个人意愿可以在制冷与空调工程、能源工程及自动化二个专业方向选择，同时设立卓越工程师教育培养计划试点班。
主要课程：制冷与空调工程方向：工程力学、传热学、工程热力学、流体力学、制冷原理和设备、空气调节、工程流体机械泵与风机、冷藏运输技术、制冷空调自动控制、低温技术、电工技术、电子技术、热工测试技术等。
能源工程及自动化方向：工程力学、传热学、工程热力学、流体力学、电工技术、电子技术、新能源发电技术、能源技术及应用、能源工程及管理、能源动力装置基础、机电控制及可编程控制器、制冷空调技术、热力过程自动控制、能源工程测试技术等。
就业方向：学生毕业后，在工业、交通运输、商业和机械电子等行业主要从事制冷与空调技术或能源工程及控制方面的设计、研究、科研开发、试验、管理工作，也可从事教学工作。
