党政管理部门
| 1 | 党委办公室（统战部） |
| 2 | 党委组织部（老干部办公室） |
| 3 | 党委宣传部（党校） |
| 4 | 纪委（监察处、审计处） |
| 5 | 工会（妇委会） |
| 6 | 团委（艺术教研室） |
| 7 | 校长办公室（质量管理办公室、信访办公室、档案馆、校友联络处） |
| 8 | 国际交流处（港澳台办公室、国际交流学院） |
| 9 | 教务处 |
| 10 | 研究生院 |
| 11 | 科技处（科技研究发展部） |
| 12 | 人事处（退休办公室、人才交流中心） |
| 13 | 学生处（武装部、军事教研室） |
| 14 | 财务处 |
| 15 | 资产管理处（后勤管理办公室、能源管理办公室、基建管理办公室） |
| 16 | 保卫处（安全办公室） |
| 17 | 发展规划处（高等教育研究所） |
| 18 | 信息化办公室 |
| 19 | 实验室管理处（基础实验实训中心） |
| 20 | 民生路校区管理委员会 |
| 21 | 国际教育学院 |
直属业务部门
| 1 | 图书馆 |
| 2 | 杂志总社（浦江教育出版社） |
教学部门
| 1 | 商船学院 |
| 2 | 交通运输学院 |
| 3 | 经济管理学院（亚洲邮轮学院） |
| 4 | 物流工程学院（中荷机电工程学院） |
| 5 | 信息工程学院 |
| 6 | 外国语学院 |
| 7 | 文理学院 |
| 8 | 海洋科学与工程学院 |
| 9 | 法学院 |
| 10 | 徐悲鸿艺术学院 |
| 11 | 继续教育学院 |
| 12 | 海华高等技术学院 |
| 14 | 高等技术学院 |
| 15 | 港湾学校 |
| 16 | 国际航运学院 |
科研部门
| 1 | 物流科学与工程研究院（航运技术与控制工程交通行业重点实验室、物流研究中心、 电气自动化研究所、水运经济研究所、海洋文化研究所、海运情报网） |
| 2 | 海洋材料科学与工程研究院 |
其他部门
| 1 | 后勤中心（校医院） |
| 2 | 基建处 |
| 3 | 上海海大资产经营有限公司（上海海运工贸公司、上海育海航运公司、中国海洋工程公司浦东代表处、上海海笪文化传播有限公司、上海育海船务代理有限责任公司、上海海阳气象导航有限公司、上海邦达电子系统工程有限公司、上海海港设备监理咨询有限公司、上海海星印刷公司、上海联勤工贸实业公司、上海海园房地产开发有限公司、上海海园房地产经纪有限公司、上海航元海运技术开发公司、上海为国港口设备有限公司、上海海鹏宾馆、上海航蕴运输咨询有限公司） |
